Hayvanları Koruma Şube Müdürlüğünün görevleri şunlardır:

a) 24/6/2004 tarihli ve 5199 sayılı Hayvanları Koruma Kanunu ve bu Kanun kapsamındaki mevzuat çerçevesinde gerekli iş ve işlemleri yürütmek,

b) Kanun kapsamındaki iş ve işlemleri ilgili kurum ve kuruluşlar ile koordineli olarak yapmak veya yaptırmak,

c) Sahipsiz hayvanlara yönelik yürütülen faaliyetleri denetlemek ve desteklemek ile ilgili iş ve işlemleri yürütmek,

ç) 5199 sayılı Hayvanları Koruma Kanunu kapsamında kurulacak tesislerin mevzuata uygunluğunu kontrol etmek, çalışma izin belgelerine ilişkin iş ve işlemleri yürütmek,

d) Hayvanat bahçeleri ve doğal yaşam parklarının kuruluşu ile faaliyetlerini denetlemek ve çalışma izin belgelerine ilişkin iş ve işlemleri yürütmek,

e) Nesli tehlike altında olan türlerin ticaretine ilişkin uluslararası sözleşmelere ilişkin iş ve işlemleri yürütmek,

f) Yaban hayvanlarının özel üretimi, hobi maksatlı barındırılması, yaban hayvanlarına ait trofe ve benzeri ürünlerin bulundurulması ve koleksiyonculuğu ile ilgili iş ve işlemleri yürütmek,

g) CITES kapsam dışı belgelerinin düzenlenmesi ilişkin iş ve işlemleri yürütmek,

ğ) CITES Sözleşmesi ve Nesli Tehlike Altında Olan Yabani Hayvan ve Bitki Türlerinin Uluslararası Ticaretine İlişkin Sözleşmenin Uygulanmasına Dair Yönetmelik kapsamında el konulan türler için gerekli koordinasyonu sağlamak,

h) Bölge Müdürü tarafından verilen görevleri yapmak.​​