Sulak Alanlar Şube Müdürlüğünün görevleri şunlardır:

a) Sulak alanların belirlenmesine ve korunmasına yönelik iş ve işlemleri yapmak,

b) Herhangi bir yasal statüyle koruma altına alınmamış hassas ekosistemlerin korunması konusunda tedbirler alınmasına ve ilgili kurum ve kuruluşlarla iş birliği yapılmasına dair iş ve işlemleri yürütmek,

c) Mağaraların ekosistem boyutunda korunması ve yönetilmesi maksadıyla etüt ve envanter çalışmalarına, izleme ve kontrol faaliyetlerine dair iş ve işlemleri yürütmek,

ç) Belirlenen peyzaj karakter tiplerine göre ilgili kurum ve kuruluşlarla iş birliği içinde uygulamaların yürütülmesine dair iş ve işlemleri yürütmek,

d) Korunan alanlar içinde ve dışında, ekolojik özellikleri bozulmuş alanların rehabilitasyonu ve restorasyonu için gerekli olan plan, proje ve çalışmalara dair iş ve işlemleri yürütmek,

e) Sulak Alan Yönetim Planlarının hazırlanması veya uygulanmasına yönelik iş ve işlemleri yapmak veya yaptırmak,

f) Sulak alanlarla ilgili izin iş ve işlemlerini yürütmek,

g) Sulak alanların geliştirilmesi ve yönetimine yönelik eğitim, tanıtım, yarışma ve bilinçlendirme çalışmalarını yapmak veya yaptırmak,

ğ) Deniz, kıyı ve ada ekosistemlerinin korunmasını sağlamak maksadıyla araştırma, rehabilitasyon, restorasyon ve izlemeyle ilgili çalışmalar yapmak veya yaptırmak,

h) Sulak alanlar bilgi sistemleri ile ilgili veri teminine ilişkin iş ve işlemleri yapmak,

ı) Bölge Müdürü tarafından verilen görevleri yapmak.​​